Заснований в 1920 р. на базі сільськогосподарського відділення Київського політехнічного інституту. У 1921р. він був виділений в окремий Київський ветеринарно-зоотехнічний інститут (КВЗІ).
У 1930 р. КВЗІ розділився на два самостійні інститути — ветеринарний та зоотехнічний. Вже в 1931-1935 рр. КВІ проводить по два набори студентів на рік і в передвоєнний час стає одним з найбільших навчальних закладів цього профілю у колишньому СРСР.
У повоєнні роки КВІ розмістився в клініках по вул. Васильківській, оскільки корпус інституту (нинішній 3-й навчальний корпус НАУ) був дуже пошкоджений і непридатний для навчання. У 1957р. Київський ветеринарний інститут на правах факультету увійшов до складу Української сільськогосподарської академії як навчальна частина Української академії сільськогосподарських наук.
У 1991 р. ветеринарний факультет перейменовано на факультет ветеринарної медицини. З 1992 року він є членом Європейської асоціації навчальних закладів ветеринарної медицини (EAEVE).
В липні 2004 року наказом ректора відповідно до рішення ректорату змінено назву факультету ветеринарної медицини на факультет здоров’я продуктивних тварин.
В січні 2006 року наказом ректора відповідно до рішення ректорату назву повернено на факультет ветеринарної медицини.
За наукові досягнення присуджено звання лауреатів Державної премії України професорам Д.О.Мельничуку, В.П.Литвину, С.М.Харченко. Лауреатами міжнародної премії «Дружба» стали професори А.Й. Мазуркевич та Д.О. Мельничук.
В різні роки співробітники факультету надавали допомогу в підготовці національних кадрів для країн далекого зарубіжжя (Алжир, Афганістан, Ефіопія, Гвінейська республіка.
На факультеті організовуються виїзні клініко-лабораторні заняття в навчальних господарствах університету, державній лабораторії ветеринарної медицини, іподромі, лабораторіях ветсанекспертизи ринків Києва та м’ясокомбінаті.
Навчальні (на молодших) та виробничу (на 5-му курсі) практики студенти проходять в кращих господарствах України з сучасними технологіями, під керівництвом досвідчених лікарів ветеринарної медицини. Крім того, практична (клінічна) підготовка здійснюється у клініках факультету, навчально-дослідних господарствах університету, на м’ясокомбінаті, іподромі, у ветеринарних лабораторіях і підприємствах України, Київській міській ветеринарній клініці, зоопарку, на відповідних кафедрах чи їх філіях в науково-дослідних інститутах НАН та УААН. Частина студентів практичну підготовку, стажування проходять у вищих ветеринарних школах та ветеринарних клініках зарубіжних країн.
У програмі підготовки спеціалістів на 4-5-х курсах передбачені спеціалізації: „Практична ветеринарія“, „Ветеринарна фармація“, „Хвороби жуйних“, „Хвороби коней“, „Хвороби свиней“, „Тропічна ветеринарна медицина“, існує підготовка за спеціалізацією «Ветеринарне забезпечення військ», а також програма підготовки лікарів ветеринарної медицини із числа випускників технікумів ветеринарної медицини за скороченим (4 роки) терміном навчання.
Факультет ветеринарної медицини НАУ є науково-методичним центром з питань ветеринарної освіти для навчальних закладів цього профілю в Україні. На його базі регулярно проходять засідання Навчально-методичної комісії Мінагрополітики України із спеціальності «Ветеринарна медицина», наукові та науково-практичні конференції, симпозіуми, зустрічі національного та міжнародного характеру. Щорічно його відвідують більше 30 делегацій та представників зарубіжних організацій, установ та підприємств.
Факультет співпрацює з науково-дослідними інститутами УААН: генетики та розведення, ветеринарної медицини, м’ясо-молочної промисловості, тваринництва; інститутами НАН України: зоології ім. І.І.Шмальгаузена, фізіології ім. О.О.Богомольця, біохімії ім. В.О.Палладіна, мікробіології та вірусології ім. Д.К.Заболотного, генетики та молекулярної біології, сорбційних матеріалів, фізики; інститутами АМН України — експериментальної патології, онкології та радіології ім. Р.Є.Кавецького, фармакології і токсикології, а також з Київським національним університетом ім. Тараса Шевченка і Національним медичним університетом ім. акад. О.О.Богомольця, підприємствами та установами ветеринарної медицини, громадськими і міждержавними організаціями США та Європи з питань навчання, науки та впровадження, з ветеринарними коледжами Айовського, Луїзіанського, Пурдю університетів (США); Гентським аграрним університетом (Бельгія), Будапештським і Віденським університетами ветеринарної медицини, ветеринарними навчальними та науковими закладами країн СНД та ін.
